نرم‌افزار گردش کار بر اجرای مراحل ثابت یک فرآیند تمرکز دارد، در حالی که BPMS قابلیت تحلیل، بهبود و طراحی مجدد فرآیندهای پیچیده و پویا را ارائه می‌دهد.
نرم‌افزار گردش کار بر اجرای مرحله‌به‌مرحله کارها تمرکز دارد و مشخص می‌کند هر درخواست یا فعالیت چگونه، در چه ترتیبی و توسط چه افرادی انجام شود، در حالی‌ که BPMS یک راهکار جامع‌تر برای مدیریت کامل فرآیندهای کسب‌وکار است که علاوه بر گردش کار، امکاناتی مانند مدل‌سازی فرآیندها، شبیه‌سازی، پایش عملکرد، تحلیل شاخص‌ها و بهبود مستمر فرآیندها را نیز ارائه می‌دهد؛ به‌طور خلاصه، نرم‌افزار گردش کار بیشتر ابزار اجرای عملیات روزمره است، اما BPMS ابزار مدیریت، کنترل و بهینه‌سازی کل چرخه حیات فرآیندهای سازمان محسوب می‌شود.